بشكل عام تفضل السفن معالجة مياه الصرف الصحي قبل التفريغ لتنقذ نفسها من أي نوع من أنواع الإحراج. هناك طرق مختلفة لمعالجة مياه الصرف الصحي متوفرة في السوق ، ولكن أكثرها شيوعًا هو النوع البيولوجي على عكس النوع لأنه يشغل مساحة أقل لخزان المياه ، مثل الطرق الأخرى. علاوة على ذلك ، فإن التفريغ الناتج من هذا المصنع صديق للبيئة. تجدر الإشارة إلى أن كل نظام معالجة مياه صرف صحي مثبت على متن السفينة يجب أن يكون معتمدًا من قبل جمعية التصنيف ويجب أن يعمل وفقًا لمتطلباتهم ولوائحهم.